A k t u a l i z a c e ze dne 26.7.2020

I.    Badatelé z University of California -Berkeley  zjistili, že z hlavní mutace nového koronaviru D614G, která se ještě počátkem června celosvětově vyskytovala u 70% nemocných COVID-19, se vyvinuly dvě nové a mnohem nebezpečnější podskupiny. První s mutací C14408T, která se začíná šířit v západní Evropě a druhá se dvěma mutacemi C14408T a G2556T ve Spojených státech. Pokud ale dojde k nákaze dvěma kmeny nového koronaviru současně jako např. na počátku pandémie v Itálii (D614 a D614G), vede to ke vzniku ADE (antibody dependence enhancement) a následně k vážnému ohrožení na životě. O ADE podrobněji - viz Aktualizace ze dne 10. května. V České republice byla naštěstí včas vyhlášena karanténa a tak si naši lyžaři stačili z Itálie a Rakouska dovést jen D614. D614G se u nás začal objevovat až po otevření hranic a zatím jen sporadicky. Podobně tomu bylo i v Německu a v Rusku, kde přes poměrně velký počet nakažených (Rusko čtvrté na světě, Německo tehdy osmé) nedošlo k tolika úmrtí jako v Itálii, ve Španělsku, v některých oblastech Francie anebo ve Velké Británii. V těchto zemích bylo totiž tehdy mnoho nemocných nakaženo oběma zmiňovanými kmeny nového koronaviru současně, k čemuž by díky novým mutacím D614G mohlo v blízké budoucnosti opět dojít. A to navzdory "chytré (?) karanténě”,  na jejíž neúčinnost upozorňují zprávy ze Španělska, kde zřejmě už začíná druhá vlna pandemie (viz zdroj č.1), podobně jako i v Číně. Skupinou, kterou nejvíc ohrožuje COVID-19 už totiž nejsou jen senioři a nemocní s dalšími vážnými nemocemi, ale čím dál víc i mladí lidé. Např. 40% nemocných ve Španělsku je mladších čtyřiceti let a většina nových případů se zde objevuje ve věkové kategorii patnácti až dvaceti devíti let (viz zdroj č.1). Přičemž ještě v dubnu většině nakažených (80%) bylo přes čtyřicet let. Zároveň víc než polovina nově nakažených je bez příznaků. Díky tomu také 74% infikovaných v Katalánsku si není vědomo žádného kontaktu s nějakým nemocným. Určitou roli v tom může hrát i tzv. Kaznačájevův efekt, ale o tom až v příští Aktualizaci. V každém případě z toho vyplývá, že sledování kontaktů, na kterém je založena “chytrá karanténa”, nemusí být vůbec realizovatelné. Kromě toho podle dopisu 230 významných vědců z 32 zemí adresovaného WHO, se nový koronavirus nešíří jen kapénkami, ale i aerosolem: miniaturními jádry odpařených kapének, které se ve vzduchu udrží déle a proto mohou cestovat vzdušnými proudy na velké vzdálenosti a zachovat si aktivní formu. Anebo prostřednictvím prachu jako Mycobacterium tuberculosis či streptokoky. Případně i vodou (viz Aktualizaci ze dne 23. června).

II.    23. července byla publikována důležitá studie (viz zdroj č.2), díky níž můžeme pochopit, proč ohroženou skupinou COVID-19 se čím dál víc stávají i mladí lidé. U nového koronaviru, který jako všechny RNA viry (na rozdíl od DNA virů ) neustále mutuje, došlo pod selekčním tlakem k významné změně:  snížení CpG dinukleotidu /v 5’UTR a to v pozici 241(c)-242(g)/, který je cílem antivirového proteinu zinkových prstů (ZAP). Tento ZAP protein rozlišuje vlastní a cizí RNA podle CpG dinukleotidů a díky tomuto rozlišení se pak váže se na mRNA nejen nového koronaviru, ale i dalších virů (např. chřipkových). Jakmile ale u nového koronaviru vlivem mutace došlo k výraznému snížení CpG dinukleotidů, stal se pro náš imunitní systém prakticky neviditelným. Např. HIV virus zas vyvinul jinou taktiku vedoucí k jeho “neviditelnosti” a sice tím, že napodobil lidský CpG. Než došlo k této mutaci, byl nový koronavirus nebezpečný hlavně pro starší lidi trpící imunosenescencí, neboť jejich kostní dřeň a mízní uzliny nevytvářejí dostatečné množství ZAP proteinu. V takovém případě lze ale “omladit"  kostní dřeň (a zvýšit tvorbu naivních Th0 buněk) působením bylin anti-aging terapie jako je např. Cistanche tubulosa s extraktem z čaje Puerh anebo kombinace Cistanche s kozincem blanitým, čímž můžeme zpomalit i zkracování telomér.

III.     Existence už jen těchto čtyř hlavních mutací ve Spike proteinu nového koronaviru prakticky znemožňuje vytvoření účinné vakcíny, protože většina ze 140 vyvíjených vakcín je zaměřená na D614 a v případě nakažení jiným kmenem by mohlo dojít ke vzniku zmiňovaného ADE (antibody dependent enhancement). Na což upozorňuje Dr.Beate Kampmannová, ředitelka Vakcinačního centra v Londýnské škole hygieny a tropické medicíny. Doslova říká, že v takovém případě by nás vakcína zbavila ochrany imunitního systému a pomáhala by viru v jeho působení. Když tyto skutečnosti byly zjištěny při vytváření vakcín proti SARS1 a MERS, jejich vývoj byl zastaven. Dr.Mike Turner připomíná, že ke stejné situaci došlo v případě vakcíny proti ebole. Tou ale bylo očkováno přes tisíc lidí, kteří zemřeli. 26. července byla zveřejněna studie (zdroj č.3 a č.4), která dokládá, že spike protein nového koronaviru, na nějž se zaměřují protilátky našeho imunitního systému i většina vyvíjených vakcín, mění radikálně svůj tvar po fúzi s membránou ACE2 receptoru. Spike protein je totiž dobře rozeznává protilátkami, které se na něj vážou s plnou afinitou jen při fyziologickém pH 7,4. Po zmiňované fúzi vstoupí prostřednictvím endocytózy do lidské buňky v časném endozomu (membránovém váčku), kde je nižší pH - okolo 6. Protilátky se ale na spike protein vážou dál, jen s menší aktivitou. To se ale zcela změní, když v pozdním endozomu pH poklesne na 4,5. Při tomto pH dochází spolu s energetickou změnou ke změně prostorové konformace (uspořádání) spike proteinu viru. Můžeme se tak u něj setkat se dvěma převládajícími konformacemi ve vztahu k orientaci RBD (receptor binding domain). Jednak s prostorovou konformací  “nahoru” (single up) za fyziologického pH, kdy spike protein je přístupný působení protilátek imunitního systému a jednak s prostorovou konformací  “dolu” (all-down), kdy po  “přepnutí “ v kyselém endozomálním  prostředí s pH 4,5 - konformační přearanžování uzavře BDR v pozici down a takto skrytý epitof je pro protilátky prakticky nepřístupný. Jejich vázací schopnost je oproti prostředí s fyziologickým pH snížena až tisíckrát. Tato konformační změna je zřejmě způsobem, který si nový koronavirus vyvinul tak jako i jiné patogeny, aby unikl imunitním dozoru hostitele a zároveň i vysvětlením, proč uzdravení z COVID-19 mívají obvykle nízkou hladinu protilátek a hrozí jim opětovná nákaza.

V Praze 26.7.2020                                                                      Milan Calábek

Zdroje:  

1. https://elpais.com/sociedad/2020-07-21/radiografia-de-los-contagios-de-coronavirus-el-40-tiene-menos-de-40-anos-  y-la-mayoria-no-sabe-donde-se-ha-infectado.html

2. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.21.213405v1

3. https://science.sciencemag.org/content/early/2020/07/20/science.abd4251.full

4. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.04.187989v1